国务院系统设置中国共产党国务院党组（国务院总理李强任书记）以及中国共产党国务院机关党组（国务委员兼国务院秘书长吴政隆任书记）。

国务院行政机构

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目前的国务院行政机构包括：办公厅、26个组成部门（包括各部、各委员会、中国人民银行和审计署），1个直属特设机构、14个直属机构，1个办事机构，17个国务院部委管理的国家局和若干议事协调机构。

依据1997年发布的《国务院行政机构设置和编制管理条例》第六条，国务院行政机构根据职能（性质和范围）分为：

国务院办公厅：国务院的综合性日常办公机构，协助国务院领导处理国务院日常工作。

国务院组成部门：由全国人民代表大会决定设置的正部级机构，其性质类似于内阁组成单位，负责领导和管理某一方面的行政事务，行使特定的国家行政权力，其行政首长均为国务院组成人员。第十四届国务院设置组成部门26个。

国务院直属机构：主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。国务院直属机构的行政地位低于部、委、行、署，其设立、撤销或变动由国务院全体会议讨论决定。直属机构的行政首长经国务院常务会议讨论决定，由总理任免，直属机构行政长官不属于国务院的组成人员。第十四届国务院设置直属特设机构1个、直属机构14个。

国务院办事机构：协助总理办理专门事项，不具有独立的行政管理职能。国务院办事机构的设立、合并及撤销，由国务院决定，其行政首长由国务院总理任免。第十四届国务院设置办事机构1个。

国务院组成部门管理的国家行政机构：现存的称“国务院部委管理的国家局”，主管特定业务，行使行政管理职能。第十四届国务院设置部委管理的国家局17个。

国务院议事协调机构

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国务院议事协调机构是国务院为完成某项特殊性或临时性任务而设立的跨部门的协调机构，承担跨国务院行政机构的重要业务工作的组织协调任务。国务院议事协调机构议定的事项，经国务院同意，由有关的行政机构按照各自的职责负责办理。在特殊或者紧急的情况下，经国务院同意，国务院议事机构可以规定临时性的行政管理措施。国务院议事协调机构一般不设实体性办事机构，不单独确定编制，所需要的编制由承担具体工作的行政机构解决；可以交由现有机构承担职能的或者由现有机构进行协调可以解决问题的，不另设议事协调机构。

国务院系统事业单位

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国务院直属事业单位不是国家行政机关，但国务院授权其中一些单位行使一定的行政职能。

国务院部门直属事业单位[1]

《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》明确：“经国家机构编制管理部门认定具有行政职能的单位的印章中央刊国徽，没有行政职能的单位的印章中央刊五角星。”